В 2002 году Мырзахметов окончил Военную академию Вооружённых сил Республики Казахстан. После этого начал службу командиром взвода.
В дальнейшем он занимал различные должности, в том числе возглавлял департамент Службы государственной охраны.
В январе 2024 года указом президента Касым-Жомарта Токаева Айдос Мырзахметов был назначен командующим Силами специальных операций Вооружённых сил Казахстана.
В период его командования в Силах специальных операций впервые в истории Вооружённых сил Казахстана прошли квалификационные испытания на право ношения бордового берета. Военнослужащие выполняли марш, проходили участки в противогазах, отрабатывали эвакуацию раненых, преодолевали горную и водную местность, выполняли стрельбы и задачи в условиях условного огневого воздействия. Испытания успешно прошли 29 военнослужащих.
В мае 2026 года Мырзахметову было присвоено воинское звание генерал-майора. Среди его наград — орден «Айбын» II степени.
Назначение нового министра произошло после трагического происшествия с военнослужащими на Каспии. По данному факту проводится уголовное расследование, а в Министерстве обороны начата комплексная проверка.
Теперь Айдос Мырзахметов возглавляет Министерство обороны Казахстана. В числе вопросов, которые находятся в зоне внимания ведомства, — воинская дисциплина, подготовка военнослужащих и безопасность личного состава.
